Fremskrittspartiets Ungdom ble offisielt stiftet på Fremskrittspartiets landsmøte 10. - 11. februar 1978, ca fem år etter at Fremskrittspartiet ble stiftet av Anders Lange på Saga kino i Oslo 8. april 1973. Det var forøvrig det samme landsmøtet som i 1978 valgte Carl I Hagen til Fremskrittspartiets formann. Det ble i østlandsområdet tidligere på 70-tallet gjort spede forsøk på å danne egen ungdomsparti i Anders Langes Parti for sterk nedsettelse av skatter, avgifter og offentlige inngrep, uten at det lyktes å etablere noe ALPU. Anders Lange selv var heller ikke noen tilhenger av at partiet skulle ha en egen ungdomsorganisasjon, han mente at "frihetselsker" skulle stå sammen uavhengig av alder.

Den første formannen i FpU var Petter N. Myhre. FpU startet som en gjeng 20 - 30 unge FrPere i Oslofjord området. I starten hadde ikke FpU noe eget manifest men FpUs politiske plattform var likt moderpartiets program. Men etter hvert kom FpU med egne synspunkter og egne programformuleringer om politiske saker.

Peter N. Myhre var formann frem til 1984. Da ble Pål Atle Skjervengen valgt til ny formann. Dette innebar en viss radikalisering av FpU. FpU ble en mer selvstendig tenkende organisasjon, med større innslag av politiske programmer. Enkelte mener at FpU fikk større innflytelse i Fremskrittspartiet etter denne radikaliseringen. FpU ideer og ikke minst FpU folk gjorde seg høyst gjeldene på alle plan i bevegelsen. I 1987 ble Pål Atle Skjervengen valgt til nestformann i Fremskrittspartiet, og FpU nestformannen Tor Mikkel Wara tok over formannsstolen i ungdomsorganisasjonen. Tor Mikkel Wara fortsatte trenden med større uavhengighet og friske radikale ideer. Ting som f.eks. stykkprisfinansiering av skoler og helsevesen er opprinnelig FpU ideer, som vakte til dels sterk motstand i moderpartiet til å begynne med. I dag har de gjennomslagskraft langt inn i Arbeiderpartiet.

Ved stortingsvalget i 1989 kom FrP inn på tinget med en gruppe på 22 stortingsrepresentanter, deriblant Skjervengen, Wara, og Petter Bjørheim (Sentralstyremedlem i FpU). Dessuten ble Jan Erik Fåne som i 1990 ble FpU formann, valgt inn på Stortinget. Samme år ble det fattet en del kontroversielle vedtak under landsmøters politiske behandling. Spesielt var det vedtakene om en liberal innvandringspolitikk og et ja til homofile partnerskap som vakte motstand i FrP. Det var sterk kamp på FpUs landsmøte om disse sakene.

I 1992 ble Lars Erik Grønntun valgt til formann etter en kampvotering mot Ingar Myrvollen. Dette var politisk sett en videreføring av Skjervengen, Wara og Fånes liberalistiske linje. Imidlertid varslet lederkampen også en viss uenighet internt i FpU. Grønntun og FpU brukte i denne tiden media på en svært offensiv måte og med til dels sterke virkemidler , og fikk på denne måten satt FpU på dagsorden både på godt og vondt. De fikk også laget en del blest rundt FpU i EU striden.

Det var i perioden fra1992 og frem til 1994 en rekke interne stridigheter som i 1994 resulterte i at FpU besluttet å nedlegge seg selv. Fremskrittspartiets mulighet til å overprøve vedtak, av enkelte kalt "Stalin-paragrafen", ble for første gang benyttet, for å redde FpU fra nedleggelse.

Det ble innsatt et nytt sentralstyre straks etter det gamle var gått av på det ekstraordinære landsmøtet som vedtok å nedlegge organisasjonen. Ulf Leirstein ble valgt til ny formann.

Også på landsmøtet i FrP 1994 oppsto en del stridigheter da partiets nestleder og tidligere generalsekretær i FpU, Ellen Vibe trakk seg. Noe som bla. resulterte i at en god del FpUere gikk ut av organisasjonen. Den kanskje hardeste striden i partiets historie kuliminerte på dette landsmøtet på Bolkesjø i 1994.

Fra 1994 til 2000 var også en periode preget av stadige utskiftninger av formenn i Fremskrittspartiets Ungdom. Ulf Leirstein satt i formannsstolen fra 1994 til 1995 , men Leirstein ble suspendert p.g.a. medlemsjukssaken i 1995. Da overtok nestformann Klaus Jacobsen, han var formann til han meldte seg ut i 1996. Daværende politiske nestformann Anders Anundsen tok over som formann og satt resten av perioden frem til årsmøtet i 1996.

Da tapte Anundsen kampvotering mot Reidar Helliesen. Sistnevnte vant voteringen med to stemmes overvekt. Reidar Helliesen satt som formann frem til 1998. På landsmøte stilte moderpartiet sterke krav til FpUs videre eksistens, med bakgrunn i dette ble Anders Anundsen og sentralstyret valgt ad blokk. Det vil si at man stemte over sentralstyret samlet, og ingen motkandidater stilte.

Anders Anundsen satt som formann til 1999, da trakk han seg av familiære årsaker. Bård Hoksrud ble konstituert formann. På årsmøtet i januar 2000 ble Hoksrud valgt til ordinær formann i FpU uten motkandidat.

Det har mot slutten av forrige århundre vært en del konflikter og noe ustabilitet i FpU, og da kanskje spesielt på 1990 tallet. Men det råder en ny optimisme og pågangsmot som den sittende sentrale ledelse ønsker å gripe fatt i å bygge videre på. På den måten kan bevegelsen bygge seg sterk og solid. Ved utgangen av 1999 passerte dessuten FpU en historisk milepæl ved at organisasjonen passerte 1000 betalende medlemmer.

På landsmøtet i 2002 ble Trond Birkedal valgt til ny formann uten motkandidater. Han ledet FpU til seier i skolevalgene i 2003 og 2005.  Han ble avløst av Ove Vanbo på FpUs landsmøte i 2008.

Formenn i Fremskrittspartiets Ungdom fra 1978 til 2008:
Peter N. Myhre (Oslo) 1978 - 1984
Pål Atle Skjervengen (Oslo) 1984 - 1987
Tor Mikkel Wara (Oslo) 1987 - 1990
Jan Erik Fåne (Akershus) 1990 - 1992
Lars Erik Grønntun (Oslo) 1992 - 1994
Ulf Leirstein (Østfold) 1994 -1995
Klaus Jacobsen (Finnmark) 1995 - 1996
Anders Anundsen (Vestfold) 1996
Reidar Helliesen (Rogaland) 1996 - 1998
Anders Anundsen (Vestfold) 1998 - 1999
Bård Hoksrud (Telemark) 1999 - 2002
Trond Birkedal (Rogaland) 2002 - 2008
Ove Vanebo (Buskerud) 2008 -